Das Zoologische Forschungsmuseum Alexander Koenig

ist ein Forschungsmuseum der Leibniz Gemeinschaft

Dr. Christoph Mayer

Sektionsleiter
Vorsitzender Personalrat
Stellvertretender Datenschutzbeauftragter
Tel: +49 (0)228 9122 403
Fax: +49 (0)228 9122 212
E-Mail: C.Mayer [at] zfmk.de

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Profil

Aufgabenbereiche

Ich bin wissenschaftlicher Mitarbeiter am Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (ZMB) am Zoologischen Forschungsmuseum Alexander Museum Koenig (ZFMK).

Als Bioinformatiker beschäftige ich mich mit der Entwicklung und Anwendung von Software zur Analyse von genetischen Daten insbesondere von großen Datensätzen.

Ich war "major contributor" bei der Entwicklung der 1kite  (1000 Insekt Transkriptome Projekt) Analyse-Pipeline.

Ich bin der Entwickler mehrerer Software Pakete:

  • Phobos (Tandem repeat analyse)
  • BaitFisher und BaitFilter

Zur Zeit arbeite ich an:

  • Mehrere target hybrid Enrichmet Projekte welche die BaitFisher Software zur Generierung von hybrid Enrichment Baits nutzen.
  • Software Entwicklung für und Analyse der Daten für den des großen 1kite Baum.
  • Statistische Phylogenetik: Analyse von Fehlerquellen in der Phylogenetik, insbesondere bei der Verwendung der maximum Likelihood Methode. Zwar ist diese Methode die Beste uns zur Verfügung stehende Strammbaumrekonstruktionsmethode. Leider gibt es aber auch hier Fehlerquellen, deren Ursprung verstanden werden sollte.
  • Phylogenie mit transposablen Elementen.

Forschungsinteressen

  • Phylogenetische Systematik
  • Informationsgehalt und Qualität molekularer Datensätze
  • Simulation genetischer Evolution
  • Stammbaumrekonstruktion mit pyhlogenetischen Invarianten.
  • Bestimmung des besten phylogenetischen Modells in großen Datensätzen wie z.B. dem 1kite Datensatz.
  • Analyse großer Datensätze (von Alinierung über Partitionierung bis zur Stammbaumrekonstruktion) im Rahmen des 1kite Projekts.
  • Algorithmen zur Detektion von perfekten und imperfekten "Tandem repeats"
  • Analyse repetitiver elemente in Genomen
  • Software Entwicklung und paralleles Programmieren (OpenMP, MPI) in der Bioinformatik
     

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