Das Zoologische Forschungsmuseum Alexander Koenig

ist Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft

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Dr. Alexander Donath

Sektionsleiter
Koordinator HPC-Cluster
Tel: +49 228 9122-344
Fax: +49 228 9122-295
Mail: a [dot] donath [at] leibniz-zfmk [dot] de

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Profil

Forschungsinteressen

  • Evolution mitochondrialer Genome
  • Analyse von Transkriptomen und Genomen zur Beantwortung phylogenetischer Fragestellungen
  • Phylogenomik
  • bakterielle Parasiten in Insekten

Weitere Informationen

gappy v1.0
gappy extrahiert splids (split-induzierende In/Dels) aus einem gegebenen Alignment und erstellt eine binäre An-/Abwesenheitsmatrix.
 
gappy ist in C++ geschrieben. Das Tool liest multiple Sequenz-Alignments in FASTA Format. Der Benutzer kann eine minimale und maximale Länge der In/Dels zur Bestimmung der splids angeben.
Standardmäßig ist die Ausgabe eine FASTA-Datei, mit der in binär codierten splid-Information, und eine zusammenfassende Statistik.
 
Der output ist auch in PHYLIP und NEXUS-Format möglich.

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