Vom Museum Koenig werden verschiedene Zeitschriften herausgegeben. Desweiteren sind die Mitarbeiter an der Veröffentlichung einer Reihe von Büchern beteiligt.
In 2017 and 2018, the Leibniz Association's Open Access Publishing Fund can cover one fifth of article processing charges for Open Access articles meeting a set of criteria, leaving only 80% of the costs for ZFMK.
Myotis ist eine internationale Fachzeitschrift für Fledermausforschung, die seit 1963 im Eigenverlag des Zoologischen Forschungsmuseum Koenig erscheint.
