Das Zoologische Forschungsmuseum Alexander Koenig

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MARE

Das Programm MARE (matrix reduction) bietet eine alternative Heuristik zu bisher verfügbaren Software-Paketen zu Optimierung von molekularen Datensätzen mit miltiplen Gene bzw. Partitionen: der Algorithmus evaluiert den potentiellen Informationsgehalt von Partitionen (z.B. Genen) in Supermatrizen und verwendet dabei die Methode des "extended geometry mapping".

Weiterhin reduziert und MARE Daten-Matrizen mit einer sogenannten "hill climbing" Prozedur (quasi-bicliques) zu einer Matrix, die ein optimiertes Subset an Taxa und Partitionen repraesentiert, dabei wird der potentielle Informationsgehalt maximiert.

Hinweis

Die Software ist derzeit nur auf molekulare Datenmatrizen auf Aminosäure-Level anwendbar. Vor Nutzung, bitte readme.txt und Manual lesen.

Neu

MARE version 0.1.2-rc released! Bonn, April 2011.

Copyright & Zitierung

Benjamin Meyer & Bernhard Misof, December 2010: MARE v0.1-rc. Benjamin Meyer, Karen Meusemann & Bernhard Misof, April 2011: MARE v0.1.2-rc.

Für ältere Versionen

Bei Fragen oder Fehlern bitte eine Email senden an: mail2mare [at] gmx [dot] de

Release Notes  MARE v0.1.2-rc

  • linefeed Fehler behoben, Error-Meldungen zugefuegt
  • Farbcode (potentieller Informationsgehalt = IC)
  • geändert: Partitionen mit einem IC = 0 sind rot eingefärbt (svg files)

 

Mare