Das Zoologische Forschungsmuseum Alexander Koenig

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Biodiversitätsinformatik

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Ein wesentlicher Bestandteil der Biodiversitätsinformatik am ZFMK ist die Konzeption von Datenbanken zur Digitalisierung und Verwaltung der hauseigenen Sammlungsdaten, sowie die Vernetzung bestehender Datenbanksysteme in Kooperation mit anderen Einrichtungen. Durch Projekte und Datenbanken wie Morph·D·Base, GBOL, GFBio und dem DiversityWorkbench Framework wird die genaue und umfassende Dokumentation von Forschungs- und Sammlungsdaten gewährleistet. Des Weiteren wird an einem einheitlichen Sammlungs- und Digitalisierungskonzept für das ZFMK gearbeitet. Dieses Konzept hat u.a. das Ziel, ein virtuelles Forschungsmuseum zu schaffen, welches die Exploration von Daten für die unterschiedlichsten wissenschaftlichen und allgemeinen Fragestellungen ermöglicht. Die Nutzung des Sammlungsmanagement Frameworks DiversityWorkbench in allen Sektionen ist hierfür eine grundlegende Voraussetzung. Weiterhin werden von der Sektion Biodiversitätsinformatik  Seminare zur Digitalisierung und zum Umgang mit Digitalen Daten am Haus durchgeführt.

Im Projekt GBOL- German Barcode of Life wurde ein Datenfluss entworfen und Tools entwickelt, um alle an den unterschiedlichsten Orten entstandenen Daten (Feld- und Taxondaten, Labor- und Analyse-Daten) von vornherein zusammen zu halten und zentral zugänglich zu machen. Das Projekt BiNHum stellt ein Webportal bereit, in welchem Biodiversitätsdaten mit fortgeschrittenen Suchfiltern zusammengefasst und heruntergeladen werden können.

ZFMK Sammlungsdaten im BiNHum Portal
Screenshot vom BiNHum Demo-Portal mit der Anzeige der ZFMK Sammlungsdaten.

Mit der morphologischen Beschreibungsdatenbank Morph·D·Base und den zugehörigen Projekten (eScience-Compliant Standards for MorphologyMorph D Base-Erweiterung) existiert am ZFMK eine Plattform, mit welcher Standards zur Datenbeschreibung (taxonomisch und morphologisch) entwickelt werden.

Die am Haus laufenden Forschungsprojekte liefern wertvolle Daten zur Biodiversität, welche in vielen Fällen einen direkten Bezug zu Sammlungsobjekten haben. Das „Wo“ und „Was“ einer Specimen-Aufnahme bildet die gemeinsame Basis fast aller Daten, sei es aus den Forschungsprojekten oder aus den Sammlungen. Hinzu kommen die Ergebnisse aus der Forschung im Labor z. B. morphometrische Untersuchungen oder DNA Sequenzen. Sol liefert und vernetzt die Biodiversitätsinformatik am ZFMK Wissen über die Biodiversität.

Mit der Teilnahme an Treffen von GBIF Deutschland IT, CETAF, EU BON, IPBES und als Mitglied im Belmont Forum ist es der Sektion Biodiverditätsinformatik möglich, am Prozess der nationalen und internationalen Entwicklung und Vernetzung mit zu wirken.

 

Kooperationen:

Dr. D. Triebel, Dr. M. Weiss, W. Reichert (SNSB IT Center, München), Dr. G. Hagedorn (MfN Berlin): Weiterentwicklung der DiversityWorkbench.

Dr. M. Ohl, Dr. G. Hagedorn und A. Kroupa (MfN Berlin), Fraunhofer Institut für Produktionsanlagen und Konstruktionstechnik: Biodiversitätsmanufaktur: Neuer Ansatz für ein Sammlungsmanagement in entomologischen Sammlungen für effiziente Archivierung und automatisierte Digitalisierung von Einzelobjekten.

Dr. A. Deans (Pennsylvania State University), Dr. Matt Yoder (University of Illinois), Dr. Stefan Richter (Universität Rostock), Dr. Lars Vogt (Universität Bonn): Phenotype Ontology Research Coordination Network. Seit September 2013 bestehende Kooperation zur gemeinsamen Entwicklung von Speciesfiles, dem Projekt ‚mx’ und Morph·D·Base.

S. Richter (Universität Rostock), S. Harzsch (Universität Greifswald), T. Stach (Humboldt Universität Berlin), L. Vogt (Universität Bonn), G. Purschke (Universität Osnabrück): Eine morphologische Merkmalsmatrix und Systematische Analyse zu neuroanatomischen Merkmalen in Morph·D·Base.

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