Vom Museum Koenig werden verschiedene Zeitschriften herausgegeben. Dies sind
- BzB - Bonn zoological Bulletin (formerly: Bonner zoologische Beiträge)
- BZM - Bonner zoologische Monographien (ausgelaufene Serie, ab 2012 integriert im Bonner zoological Bulletin)
- Myotis
Desweiteren sind die Mitarbeiter an der Veröffentlichung einer Reihe von Büchern beteiligt.
