Die Sektion Theriologie wurde 1936 gegründet. Erster Kurator war Heinrich Wolf, gefolgt von Ernst von Lehmann, Fritz Dieterlen, Günter Nobis, Rainer Hutterer und Gustav Peters.
Die Schwerpunkte der wissenschaftlichen Säugetiersammlungen sind Kleinsäuger der Paläarktis und Afrikas, aber es liegen auch wichtige Sammlungsbestände aus Südamerika und Ostasien vor.
Der Sektion angegliedert sind die Beringungszentrale für Fledermäuse, ein Lautlabor und eine Tierstimmensammlung mit Schwerpunkt "Landbewohnende Raubtiere".
