Der Pastor Christian Ludwig Brehm (1787-1864) war einer der ersten, der Vogelbälge unter wissenschaftlichen Gesichtspunkten sammelte. Er verglich Männchen-, Weibchen- und Jugendkleider und erkannte bereits Unterschiede zwischen Individuen einer "Art" aus verschiedenen Regionen ihres Verbreitungsgebietes. Durch genaues Untersuchen von Federkleid und Skelett stellte er z. B. fest, dass sich nur einander bis ins Detail ähnliche Partner paaren. Als "assortative mating" ist dieses Phänomen ein (in der Wissenschaft als "neu" entdeckt gefeierter) Mechanismus der Partnerfindung.
Mit der Ausbeute der Afrika-Reise seines Sohnes Alfred, bekannt als Autor von "Brehm's Tierleben" kamen etwa 8.-9.000 Bälge zusammen, eine Sammlung, die zu seiner Zeit einmalig gewesen ist. C.L. Brehms Versuche, die wertvollen Objekte an verschiedene Universitäten, Museen oder Mäzene zu verkaufen, schlugen fehl. Auch seinem Sohn Alfred gelang es nicht, die Sammlung zu veräußern, die bis 1896 in Vergessenheit geriet. Wiederentdeckt, wurde sie von den Brehm-Erben 1897 an Lord Rothschild nach Tring in Großbritannien verkauft.
Dort wurde sie weiter wissenschaftlich ausgewertet - schließlich enthält sie eine große Zahl von Typusexemplaren, Bälgen, nach denen neue Arten erstmals beschrieben wurden und ihren wissenschaftlichen Namen erhalten haben. In Geldnot geraten, musste Lord Rothschild seine Sammlung verkaufen - sie ging 1932 an das American Museum in New York. Nach langjährigen Verhandlungen gelang es 1960 G. Niethammer, einen Teil der Sammlung, - 2.826 in Deutschland gesammelte Vögel -, auf dem Tauschweg an das Forschungsmuseum Alexander Koenig zu holen - die Typen liegen allerdings auch heute noch am American Museum in New York.
Als regionale Sammlungsschwerpunkte des Institutes dürfen - bedingt durch die historischen Vorgaben Alexander Koenigs - weiterhin das tropische Afrika und die paläarktische Region gelten. Anders als etwa in den amerikanischen Forschungsmuseen, in denen fortlaufend bis zum heutigen Tage große Serien auch einheimischer Vögel gesammelt werden, hat sich das Forschungsmuseum Koenig aber dem Naturschutzgedanken verpflichtet: Regionale Neuzugänge der letzten Jahre sind Totfunde oder stammen aus Zoos der Umgebung.
Alle Sammlungsstücke sind inventarisiert, die Bestände in einem Zettelkatalog erfasst. Ein Verzeichnis der im Museum Koenig beschriebenen Vogeltypen ist bereits 1984 erschienen. Im Rahmen eines vom BMBF geförderten elektronischen Katalogs von Wirbeltiertypen in deutschen Forschungssammlungen sind sie unter http://www.gbif-vertebrata.de/ über das Internet abfragbar. Auch ein (kleiner) Teil der Balgsammlung liegt in Form einer elektronischen Datenbank vor. Ein umfangreiches Archiv von Vogelstimmen und eine umfassende Bibliothek mit mehr als 6.000 Monografien über Vögel und 210 Zeitschriften rein ornithologischen Inhalts vervollständigen die Arbeitsgrundlagen für die Vogelforschung.


